小泉以突然造訪的方式參拜，隨從只有身邊秘書和首相警衛。其參拜形式與前三次一樣，在神職人員的引領下來到大殿，鞠躬行肅穆禮，沒有按神道儀式參拜。據說這是為了避免違反憲法規定的政教分離原則。但在記賬簽名時，小泉仍署上了「內閣總理大臣小泉純一郎」的名字，並自費支付了3萬日元獻花費，可以認為，小泉是以公職身份參拜靖國神社。
參拜結束後小泉回答了記者的提問。他說：「日本今天的和平與繁榮是建立在戰爭年代先輩們犧牲基礎之上的，參拜是為祈禱今後日本的和平與繁榮。」小泉特別強調日本有「初詣」（新年參拜寺廟神社）的傳統，很多人都到神社參拜。有記者問到參拜會遭到亞洲國家的反對時，小泉答稱：「每個國家都尊重自己的歷史、傳統和習慣，對此不應說三道四。我想這在今後會逐步得到各國的理解。」他還稱，今後將堅持每年參拜一次。
小泉頑固堅持參拜靖國神社，引起了日本國內和平勢力和周邊國家的強烈反對。日本共產黨書記長市田忠義發表談話，指出小泉連續參拜靖國神社，「會使亞洲國家認為日本沒有認真反省戰爭責任」。日本民主黨黨首菅直人認為，參拜靖國神社是小泉為強調個人信條而損害國家利益的行為。日本社團法人日中友好協會理事長村岡久平發表談話，對小泉不顧近鄰各國和人民的反對頑固參拜靖國神社表示憤怒和抗議，他指出，近年來小泉連續參拜（靖國神社）是阻礙中日兩國政治交流的原因，他對小泉參拜所引發的亞洲國家對日本的警惕和不信任的增加表示憂慮。
中國就日本首相再次參拜靖國神社表示強烈憤慨，外交部副部長王毅今天奉命緊急召見日本駐華使館臨時代辦原田親仁，就日本首相今天參拜靖國神社提出嚴正交涉。王毅表示，中方對小泉首相不顧中國人民和亞洲人民的反對，一意孤行，再次參拜靖國神社表示強烈憤慨。對這一傷害戰爭受害國人民感情的行徑予以強烈譴責。
王毅說，靖國神社中供奉有雙手沾滿中國和亞洲人民鮮血的甲級戰犯亡靈。小泉首相無視深受侵略之害的中國和亞洲人民的感情，無視國際共識與良知，一而再、再而三地參拜供奉有甲級戰犯的靖國神社，不僅違背了其本人反省侵略戰爭的承諾，也進一步損害了中日友好關係的政治基礎。對這種背棄信義的行為，中國人民絕不能接受。
王毅指出，「以史為鑒、面向未來」是對待歷史問題的唯一正確態度。如果日本領導人在靖國神社問題上繼續堅持錯誤作法，必將更加失信於中國、亞洲乃至世界人民，最終也必將損害日本自身的利益。我們要求日本領導人認真聽取中國人民以及亞洲人民的正義呼聲，以實際行動消除參拜造成的惡劣影響。
同日，中國駐日本使館也向日本政府提出了嚴正交涉。 同一天，韓國外交通商部也發表談話，指出小泉參拜傷害了韓國的民族感情，在憤怒譴責的同時要求小泉停止參拜靖國神社。
分析家認為，小泉選擇年初參拜靖國神社有其多重用意：其一，利用日本人新年參拜神社寺廟的習慣前往參拜，淡化其作為國家領導人參拜靖國神社的政治色彩，減緩亞洲國家的反感情緒。其二，新年是日本最長的假期，全國休假，一些報紙休刊，此時參拜可以避免媒體炒作。小泉在2001年春天競選自民黨總裁時曾多次聲稱，無論其他國家如何批判，自己也一定要在每年的8月15日參拜靖國神社。此後，由於亞洲國家和人民的強烈反對，他雖然迴避了8月15日，但還是分別於 2001年8月13日、2002年4月21日、2003年1月14日連續3次參拜靖國神社。
輿論認為，小泉以「各國歷史、傳統、習慣不同」 為自己的參拜做解釋，不過是一種狡辯。因為世人盡知靖國神社內供奉著第二次世界大戰中雙手沾滿亞洲人民鮮血的甲級戰犯，日本國家領導人參拜此地是涉及一個國家如何認識和對待那段侵略歷史的根本性問題，豈能用個人信仰或傳統習慣做搪塞。
