正是依靠這種「舉國體制」，中國這個發展中國家崛起為世界上屈指可數的競技體育大國，並在這次北京奧運會上，和真正的體育大國棗美國展開了金牌爭霸戰。多年來，國內外的有識之士對這種戕害體育精神，要面子不要裡子的「舉國體制」進行過嚴肅的剖析和批判。他們指出，該體制存在3大弊端：
第一大弊端是：國家資源的使用輕重倒置。官方每年花掉納稅人上交的數十億人民幣去培養「脫產」的尖子運動員，發展競技體育，而嚴重忽視乃至不顧國民大眾的體育愛好和強身健體的需要。據美國《時代》雜誌報導，2001年之前中國國家體育總局年預算為4億2千8百萬美元，後來迅速增加到7億1千4百萬美元；據體育總局體育科學研究所所長透露，中國在國際競賽中每贏一枚金牌，其成本約為7百萬美元。
第二大弊端是：數以十萬計的運動員成為犧牲品。「舉國體制」採用人海戰術培養極少數金牌選手，先是從全國各地的中小學學生中挑選有潛能者送到體育學校進行與社會隔絕的封閉式集訓，然後再從這些青少年運動員中選拔尖子，進行特別培訓後參與全國與國際體育大賽。
現在，全國有3千多所青少年體育學校，在校候補運動員近40萬，年齡最小者僅七、八歲。而殘酷的事實是，除了極少數精英，這些青少年中的絕大多數都奮鬥不到「為國爭光」的那一天。即使爭過光的，若不是明星級運動員，他們的下場也可能很悲慘。中國體育報曾經報導說，80％的運動員退役後因沒有文化和一技之長，謀生艱難。其中不少人還傷病纏身，甚至成為殘廢。曾為全國舉重冠軍的鄒春蘭於1993年退役後，因為只有小學三年級學歷，只能去澡堂當搓澡工。
第三大弊端是：形成了一個明星運動員、教練員和體育官僚三位一體的龐大利益集團。唯金牌是尚的「舉國體制」給明星運動員和教練員帶來巨大的名利，給體育官僚帶來官運亨通，它是中國體壇腐敗的觸媒和溫床。2005年中國第十屆全運會鬧出大量金牌內定、密商假賽的醜聞，就是一起典型的例證。不少人指出，是 「舉國體制」弘揚的錦標主義促使人們不擇手段，從而使公平競賽的體育精神蕩然無存。
說到不擇手段，不能不提到中國女運動員的服用禁藥醜聞。中國女子游泳隊在上世紀九十年代一度稱霸國際泳壇，不僅在國際大賽中摘金奪銀，還破了好幾項世界記錄。然而好景不長，1994年廣島亞運會上，中國游泳女選手被查出 11人服用禁藥，所獲獎牌一律取消。自那以後，中國游泳女將成績迅速跌落，打回原形。當然，民主國家也有服用禁藥醜聞，但一般都是運動員個人行為，而在中國則是官方行為，其中體育官僚機構起了關鍵作用。
據鄒春蘭披露，是教練讓她們服用「大力補」，騙她們說是補身體的營養藥。到比賽前半個月，則讓她們停止服用，然後注射「掩蓋劑」，以求在藥檢中矇混過關。迄今為止，中國共有27名女運動員無法通過藥檢，數量超過其它國家之總和。
一國的體育制度和政策，究竟是立足於為國民大眾強身健體服務，還是僅僅致力於在國際比賽中奪取最多的獎牌獎盃，這體現了涇渭分明的兩種價值取向。中國實行「舉國體制」，搞的是國家壟斷操控的官辦體育，連奧運志願者和拉拉隊都是官辦的。這種體制看重的是精英競技體育，輕慢的是大眾健身體育。說穿了，就是將體育作為對內收攏人心、對外炫耀國力的統治利器而已。
不難預言，在2008年北京奧運會之後，當局還會將「舉國體制」推行下去。如果這次得到了金牌第一大戶的頭銜，則在2012年倫敦奧運會上，他們的目標是進行衛冕戰；如果這次依然屈居第二，則他們的目標是和美國再次展開金牌爭霸戰。
