2002年12月29日，法轮功年度修炼心得交流会在台大体育馆开幕，一些官员和政治人物以各种形式表达了他们对大会的祝贺和支持，但是最引人注目的还是台北市长马英九上午出席了大会，并且发表讲话。他表示，宗教自由、信仰自由是自由社会普世价值，也是基本自由和人权。他看到法轮功学员在大陆被迫害、被杀害，心中非常不忍。他更强调出席法轮功活动，“不担心会得罪哪一个政府、哪一个政权”。马英九的讲话和照片刊登在美洲“世界日报”的头版，非常振奋人心。
马英九是众所周知统派所力拱的政治明星，以他这样的身份，却敢于挑战中共这种残暴、独裁的政权，现在已经不多见了，这也是最珍贵的地方。台湾是个民主和多元化的社会，不同的意识形态都有发表的机会，不同意识形态的政党也都有执政的机会。但是不论哪一种的意识形态，既然尊重民主国家的游戏规则，就要尊重民主的理念，不能去联合专制独裁的中共来影响台湾的政局，不管引狼入室，还是拉大旗作虎皮，都是不对的，特别是引狼入室就根本是“台奸”的行为。
为了增加两岸的彼此了解，政商人物的沟通交流都很必要，既然来台湾的中共政商人物是来推销他们的理念，那么台湾的政商人物到中国时也必须宣传台湾自由民主人权法治的理念，而不只是在中共官员面前点头哈腰，更不可以把鸡毛当令箭，充当中共的传声筒。
马英九为法轮功站台给统派做出好榜样，希望台湾统派的政治人物到中国时，要求中共尊重不同的政治主张，尊重不同的宗教信仰，尊重台湾的人权，不要只是揣摩中共的心意，充当奴才佣仆的角色。
台北市长：虽然不是宗教 仍有结社权利
据南华早报2003年1月15日报导，受到北京不常有的批评后，台北市长马英九说，虽然一些人不把法轮功当成是一个宗教，“他们仍然可以作为自由的社会的一部份享受结社的权利。”
报导说，马先生说：“在台湾，我们没有看到有任何迹象表明法轮功是可怕的X教。只要他们在法律范围内运作，不打扰别人，不损害公共利益，他们对我们没有任何威胁。”
他说：“宗教压制实际上不是中国传统文化的一部份，作为中华文化的继承人，大陆真应该更加宽容。”
他说，虽然一些人不把法轮功当成是一个宗教，“他们仍然可以作为自由的社会的一部份享受结社的权利。”马先生说政府不干预类似组织是更明智的。
报导还说，马先生说，新华社发表一篇社论，声称“某个台湾政界人士”呼吁对该功法的容忍而“伤害两岸关系”，对此他并不感到意外。
马先生说除非北京改变它对被禁的法轮功的态度，否则两岸统一“不可能有任何希望”。
