近来，中国大陆甲型H1N1流感大爆发，而中共卫生部公布的甲流确诊和死亡病例数据，著名呼吸疾病专家、中国工程院院士钟南山在媒体上公开提出质疑。大陆一些医院的医务人员也透露卫生部隐瞒甲流疫情，实际感染和死亡人数成谜。
11月18号，当时中共卫生部通报全国甲流死亡病例只有53例，广东省防控甲型流感临床专家组组长钟南山，在回答《羊城晚报》记者提问时说：“对于这个数字，我根本就不相信！”
在钟南山严厉批判官方瞒报疫情的舆论压力下，中共当局迅速提高了死亡病例数字。据卫生部最新通报：截至11月29号，中国境内31个省份共报告甲型流感确诊病例91393例，死亡病例178例。
不过，在中新网12月1号的报导中，回应钟南山的质疑，卫生部卫生应急办公室主任梁万年声称：现在没有发现隐瞒死亡病例的情况。他还说：中国死亡病例数少，和中国采取的早发现、早诊断、早治疗的严格防控措施有关。
而在11月23号召开的甲型流感医疗救治论坛上，北京市卫生局局长方来英在接受媒体采访时透露：目前全市约有40万人已感染过甲流病毒。
11月29号，北京一家医院医务人员向希望之声国际广播电台记者透露：上级警告甲流疫情数字不可实报。“现在不管儿科还是大人得病的都挺多的，急诊室输液的人多的都挤不進去。我们现在要求门诊的（医生）所有的东西都不许说。现在也不统计了，不知道谁是甲流，不是甲流，因为我们的大夫说没那么多试剂，所以现在只要看病的、发烧的都按一般感冒治。”
据卫生部通报：甲型流感占全部流感的比例已接近90%。截止11月29号，北京确诊甲流患者9007人，死亡26人；上海确诊1950人；广东确诊6094人，死亡7人。
而据知情人士透露：仅吉林长春一地甲流死亡病例就已达51例。沈阳知情民众近日透露：当地医院有6、7个因甲流重症死亡的，病人的肺80%都烧白了。中国医科大学附属第一医院专家也发现，甲流重症病人出现“白肺”。
北京一位市民对自由亚洲电台说：“现在国家这些钱已经不出了，全部是个人自费去做这些治疗，比如说你感冒已经花了400多块，而且现在物价还匆匆的涨，本来工资又特别低，谁肯去做检验看是不是得甲流，所以很多就给盖住了，死了都不知是得了甚么病。”
广东省卫生厅办公室调研员冯绍民表示：当前仍是第一波流感高峰期，预计明年2、3月或迎来第二波流感高峰期。广东将会有15%至20%人口、即高达1800万人感染流感。
冯绍民说：当局不会逐一化验病患是否患甲型流感，因为患者太多了，医院没有足够人手应付，只有肺炎或死亡个案、3天发烧不退的病患才会检验。
天津市儿童医院医务人员透露：儿童医院每天接待数千发烧的儿童，上级指示不做甲流检验。“不确诊。因为现在上面有指示，做咽拭子一个是重症的，再一个这地区有爆发流行的，他要作几个，如果确实有了，那就说明这地区是爆发了。（哪个上级？）就是卫生局。做不过来，做一个挺贵的，2千多块钱。（卫生局的规定是从哪来的？）那也是从上面来的。（应该是卫生部了？）啊，对。做都是市里统一的做，如果需要做，我们得往上报，然后他们来人，他们给做，做不过来。儿童医院每天来看病的孩子8、90%内科病都是发烧的。”
12月1号，教育部、卫生部紧急发布《学校甲型H1N1流感防控工作方案》的通知，规定若班级当天新发现急性呼吸道感染病例达5例以上，或发现当天急性呼吸道感染症状的学生累计达30%以上，即可实施停课。
中国研制的甲流疫苗9月初问世后，北京许多学生家长选择不注射疫苗，认为质量不可靠、有副作用。“北京闹得家长都挺牴触的。有接种的，有不接种的，没接种的孩子还都没烧，接种的孩子都在烧。”
广州呼吸道疾病研究所所长钟南山11月27号表示：禽流感致死率高，应警惕甲流和禽流感发生重组变异；这种情况如果出现，“将是一个非常大的灾难”。
世界卫生组织驻华代表处新闻官陈蔚云证实，中国内地出现过两、三个甲流病毒变种的病例。巴西、日本、墨西哥、乌克兰和美国都曾发现甲流病毒变种。中国农业部11月29号证实：已经在病犬身上发现H1N1流感病毒。
钟南山指出：根据日前中国工程院有关专家对H1N1甲型流感的预测，高峰时大陆将有1.3亿至2.6亿人感染，占总人口的10%至20%。
目前，全球甲流病例已超过46万多例，死亡病例达到6770个。
